Einen Ausgleich zum Schulalltag bot ihm die Beschäftigung mit der lokalen und regionalen Geschichte, die in zahlreichen Veröffentlichungen ihren Ausdruck fand. Die Grundlage dazu bildete eine jahrzehntelange Sammeltätigkeit von umfangreichen Unterlagen bei Recherchen in staatlichen, kommunalen und kirchlichen Archiven, Bibliotheken und sonstigen Institutionen.
Von Anfang an stand neben anderen historischen Themen die Geschichte seines Heimatorts Straß im Mittelpunkt. Schließlich erweiterte sich das Themenspektrum mit der Geschichte des Klosters Elchingen sowie der Erforschung der noch wenig bekannten, aber bedeutsamen und aus Unterelchingen stammenden Baumeisterfamilie Wiedemann und der Stuckatorenfamilie Eitele, die in der Barockzeit in Süddeutschlands deutliche Spuren hinterlassen haben. Es ist sein Verdienst, dass er die Genealogie der Baumeisterfamilie Wiedemann genauer untersuchte und so manche Irritation in kunstgeschichtlichen Beschreibungen aufklären konnte.
Die Fülle der gesammelten Unterlagen zur Klostergeschichte Elchingens hatte schließlich den Schritt zur wissenschaftlichen Darstellung zur Folge. Deshalb entschloss sich Aubele mit 69 Jahren noch zu einem Promotionsstudium in Geschichte an der Universität Stuttgart, das er von 2010 bis 2012 erfolgreich absolvierte. Thema der Arbeit, die 2018 von der Philosophisch-Historischen Fakultät der Universität Stuttgart als Dissertation angenommen wurde, war die letzte große Epoche der Reichsabtei Elchingen vom Ende des Dreißigjährigen Krieges bis zur Säkularisation, die in einer umfassenden Weise das Leben des Klosters im Spannungsfeld zwischen Kaiser und Untertanen veranschaulicht.
Die Forschungen beziehen sich jedoch über das Dissertationsthema hinaus auf die gesamte Klostergeschichte.
Die aktuelle Beschäftigung gilt den genannten Unterelchinger Barockhandwerkern bzw. -künstlern. Unter dem Arbeitstitel „Unterelchingen – ein schwäbisches Klein-Wessobrunn“ sollen auf der Basis der bisherigen Veröffentlichungen über sie anhand weiterer eigener Forschungen und neuer Erkenntnisse der Kunstgeschichte ihre wichtigsten Vertreter dargestellt werden.
Es sind insgesamt 18 Persönlichkeiten, die in Unterelchingen ihre Wurzeln haben: zehn Vertreter der Baumeisterfamilie Wiedemann, zwei weitere Unterelchinger Baumeister, fünf Angehörige der Stuckatorenfamilie Eitele und der Fassmaler Johann Geiger. Sie haben in der Barockzeit bedeutende Werke geschaffen und waren in ganz Südwestdeutschland und im Rheinland tätig..